Практически все животные Новоафонской пещеры слепые, потому что их эволюция происходила в абсолютной темноте. На записи запечатлены бокоплав Нифаргус и пещерная креветка Троглокарис. Они были выловлены в пещере и помещены в аквариум, где созданы условия, приближенные к естественным.
Бокоплав рода Нифаргус — рачок молочно-белого цвета, который питается органическими остатками перегноя, заносимого в пещеру внешними водами.
Пещерная креветка Троглокарис – единственная пресноводная креветка, известная в республике. Она когда-то была морской, в те времена, когда большая часть Абхазии находилась на дне морском. Креветка попала в пещеру, море отступило, и она приспособилась к жизни в подземных пресных озерах. Вода в подземных озерах не сразу стала пресной, это был долгий процесс эволюции этого вида. Троглокарис – род довольно распространенный, но в Новоафонской пещере обитает особый вид, названый в честь французского исследователя пещер Лиу Фажа – Троглокарис Шмитти Фажей.
Ученым Института экологии удалось составить теоретическую модель экосистемы трех постоянных озер Новоафонской пещеры, расписав звенья пищевой цепи. Крупные насекомые питаются мелкими, а те, в свою очередь – органическими веществами, занесенными водой из внешнего мира.
