Новоафонский монастырь очень быстро набирал популярность как христианский центр, кроме того, монахам удалось создать при нем очень крепкое хозяйство.
Они даже соорудили собственную гидроэлектростанцию и возвели плотину на Псырцхе, которую построили по проекту инженера Веняжского. Она и была введена в строй 7 декабря 1882 года. Все работы на Псырцхинской ГЭС завершились в 1903 году, но первое электричество станция дала гораздо раньше. Любопытно, что плотину монахи использовали и как холодильник. Само место преобразилось, а искусственный водопад по сей день притягивает внимание туристов.
Чем только не занимались монахи, у них была своя собственная пасека, имелся свечной завод, множество мастерских: кирпичная, часовая, литейная, живописная, переплетная. В монастыре делали свое вино, а на озере Инкит в Пицунде работал даже рыбоконсервный завод.
Что уж говорить об окрестностях монастыря, они были приведены в образцовый порядок. На склонах вокруг монастыря были посажены оливковые рощи, декоративные деревья. В год прибытия в Новый Афон императора Александра III высадили большую кипарисовую аллею, ведущую к монастырю, с тех пор ее и зовут Царской.
Монахи не были зациклены на благоустройстве собственной обители, занимались возрождением других святых мест и церквей в Абхазии. Их силами были восстановлены Патриарший собор в Пицунде и крепость на Анакопийской горе. Очень важным событием стало открытие монастырской школы для абхазских мальчиков, именно там в начале ХХ века воспитывались представители будущего абхазского духовенства. Из стен этой школы также вышли будущие общественные деятели, известно, что в Новоафонском монастыре учился Нестор Лакоба.
После Октябрьской революции 1917 года для монахов наступили тяжелые времена. Местные крестьяне заявили претензии на монастырские уделы, напоминая, что когда-то они были изгнаны с этих земель, отданных под монастырь.
После 1921 года, когда в Абхазии установилась советская власть, монастырь перестал существовать. Известно, что монахам об этом заявил Нестор Лакоба, молодой руководитель уже Советской Абхазии, сам в прошлом ученик монастырской школы. Вот выдержка из его речи: "Дорогие отцы, мне категорически предложили в Москве закрыть ваш монастырь. Я долго протестовал, отстаивая его. Вы знаете, что он дорог мне так же, как и вам, потому что я воспитанник монастырской школы, учрежденной когда-то в былые годы дорогим покойным отцом Иероном для абхазских мальчиков, где когда-то воспитывался и я на всем полном монастырском содержании. Абхазы с благоговением вспоминают о вашей монастырской деятельности среди нашего народа, о том, что некоторые из ваших ученых монахов, в совершенстве изучив наш язык, изобрели нам абхазскую письменность, благодаря которой проглянул луч просвещения в среду наших людей. Но простите меня, отцы, потому что я не властен отменить или хотя бы отсрочить на некоторое время это решение, ибо это решение самого Сталина".
В 1924 году монастырь, его земли и владения отдали под совхозы. Как пишет Георгий Амичба, при изъятии монастырских ценностей присутствовал лично комиссар здравоохранения, академик Семашко. "В монастырском подземелье были найдены огромные богатства, драгоценности, измеряемые десятками пудов, в том числе золотые ризы, серебряная модель монастыря весом в полтора пуда, крупный жемчуг, алмазы, аметисты, рубины, сапфиры, золотые и серебряные монеты", - пишет историк Амичба.
Позже монастырь стал домом отдыха "Псырцха", а монастырское хозяйство стало основой для богатого совхоза. В годы Великой Отечественной войны в его стенах разместился госпиталь.
