Строительство железной дороги в Гудауте было запланировано еще в XIX веке. В конце 1860-х годов наметили строительство магистральной железной дороги от Туапсе до Сухума. Полагалось, что она свяжет закавказские губернии с центральными регионами Российской империи. К тому же считалось, что сухумская линия играет стратегическую роль в защите Закавказья.
К строительству железной дороги приступили в 1903 году. Но из-за начала Русско-японской войны и общего положения внутри Российской империи пришлось отказаться от продолжения работ.
К работам по сооружению новой линии приступили лишь в 1914 году. Но в 1917-м из-за начала революции строительство вновь отложили.
Абхазская железная дорога была построена уже в советское время. В 1931 году первый поезд прибыл на территорию Абхазии.
Здание Гудаутской железнодорожной станции же сдали в промышленную эксплуатацию в годы Великой Отечественной войны, в 1944 году. Вокзал выполнен в стиле "сталинского ампира". Его украшают величественные колонны, арки и витражи.
За последние 30 лет здание Гудаутского вокзала пришло в упадок. Крыша протекает, стены портятся. На сегодняшний день функционирует лишь незначительная часть вокзала.