Сухумский вокзал, как и большинство других в Абхазии, был построен в советское время. Он был открыт в декабре 1951 года. Проектировали здание архитекторы Леван и Лола Мушкудиани.
Стоимость отделочных работ составила 24% от общих затрат на строительство, а кубометр здания обошелся в 315 рублей.
Во время Отечественной войны народа Абхазии 1992-1993 годов железнодорожный вокзал в Сухуме был разрушен. Движение поездов тогда полностью прекратилось, а само здание использовалось как склад боеприпасов.
Полноценное движение восстановилось только в 2004 году.