Солдат воевал в должности заместителя командира пулеметного взвода, позже был переведен в разведбатальон. Он получил ранения в боях в Ростовской области и при освобождении Киева.
В 1944 году Алексей Шония был демобилизован, вернулся в Абхазию и начал работать в кутолской школе военруком. После 1945 года Шония переехал в Ткуарчал и стал работать в "Ткуарчал-шахтострое", а затем в "Ткуарчалугле", занимался горно-очистными работами, был мастером-взрывником.
Этот опыт помог ему в годы Отечественной войны народа Абхазии. Он стал сапером, минировал мосты и дороги на пути к Ткуарчалу. Во время обстрела города получил ранение в руку.
Алексей Шония награжден орденом Отечественной войны первой и второй степени, орденом Красной Звезды, орденом Славы, орденом Октябрьской революции, более 30 медалями за освобождение различных городов. Кроме того, за участие в Отечественной войне народа Абхазии Шония награжден медалью "За отвагу".