Руководителем Абхазии Сергей Багапш стал в результате президентских выборов в 2004 году. Его имя связано с международным признанием Абхазии – после августовских событий 2008 года независимость Абхазии и Южной Осетии были признаны Российской Федерацией.
Сергей Багапш скончался в российской клинике 29 мая 2011 года после проведенной операции. Церемония прощания с ним проходила в Доме офицеров.
Тело президента Абхазии со всеми почестями отправили в Абхазию спецбортом ТУ-154, который сопровождали до республики два военных истребителя.
Второго президента Абхазии Сергея Багапш похоронили в его родном селе Джгерда Очамчырского района.